菌群移植(Fecal Microbiota Transplantation，FMT)是指将健康人粪便中的功能菌群提取出来，再通过胃镜、肠镜或胶囊等形式移植到患者胃肠道内重建新的肠道菌群，以实现肠道及肠道外疾病的治疗。菌群移植目前已被临床医学指南及共识推荐用于治疗复发性或难治性艰难梭菌感染(Clostridium difficile infectious，CDI);并逐渐推广应用于慢性便秘、腹泻、肠易激综合征(irritable bowel syndrome，IBS)和 炎 性 肠 病(inflammatory bowel disease，IBD)等肠道功能性和器质性病，以及神经精神系统(自闭症、焦虑症、抑郁症和帕金森病)、代谢系统和肿瘤免疫等疾病的治疗。FMT 治疗对于传统治疗无效、且与肠道菌群紊乱有密切关系的肠道内外疑难疾病是一个新的、有深远影响意义的治疗选择。菌群移植又被称为粪菌移植。